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关于RNA前体的批量制备,常用的方法是体外转录(IVT)。IVT反应以含T7启动子的线性化质粒DNA为模板,在T7 RNA聚合酶作用下,以三磷酸核苷(NTPs)为底物合成线性RNA。
RNA的体外环化策略包括化学连接法、酶法连接和PIE核酶法。其中化学连接和酶法连接适用于较短RNA的环化,片段大于100 nt时,环化率会大幅降低,而基于内含子序列的核酶法,可实现1 kb~8 kb RNA的环化。
除目标环状RNA(circRNA)外,IVT和体外环化反应混合物中还包括未消耗底物和反应副产物,例如NTPs、酶、金属离子、线性RNA前体、nicked circRNA、内含子片段等,因此需进行产物的纯化。 实验室常用的RNA纯化方法包括氯化锂沉淀、磁珠纯化,能够去除RNA以外的物质,但无法去除与circRNA性质接近的RNA杂质,如线性RNA前体、nicked circRNA等,因此存在免疫原性风险。用于动物试验的circRNA通常需更高的纯度,更严格的完整circRNA控制标准,更偏向于使用层析纯化方案。