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环状RNA(circRNA)序列设计的重点在于其线性RNA前体的设计,包括辅助环化序列(排列内含子-外显子PIE、同源臂序列)、内部核糖体识别位点(IRES)和目标蛋白编码序列(CDS)。
青鸟核酸基于鱼腥藻PIE系统设计并优化了线性RNA前体,能够实现长达8,000 nt RNA的高效环化。
该平台可应用于1000~8000 nt circRNA的快速制备。我们同时提供其他RNA环化技术的定制化设计服务,如T4噬菌体td基因来源的PIE系统、鱼腥藻TRIC系统、四膜虫RNA环化系统。

不同circRNA元件的功能和设计原则如下表所示:

circRNA元件 生物学功能 设计策略
IRES 内部核糖体识别位点,调控circRNA的翻译。 筛选不同病毒来源的IRES序列,如EMCV、CVB3。
CDS 蛋白编码区,抗原、抗体或其他功能性蛋白的编码序列。 密码子优化可增加翻译水平,注意某些非最佳密码子可能在蛋白折叠中发挥作用。
内含子-外显子 在GTP催化下内含子自剪接,实现内含子以外序列的环化。 根据T4噬菌体胸苷酸合酶(td)、鱼腥藻或四膜虫tRNA前体基因设计。
同源臂序列 提高RNA环化效率。 在线性RNA前体两端添加同源臂序列(~20 nt)。

青鸟核酸circRNA平台优势:

多元化的IRES来源选择:病毒或人源细胞来源的天然IRES序列文库,匹配不同的CDS序列;
前沿的CDS优化团队:与专业AI算法团队合作,完成密码子的优化;
模块化序列筛选平台:快速筛选circRNA序列,实现circRNA的高效表达与低免疫原性。