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自复制RNA（saRNA）的序列组成为：5’非编码序列（UTR）、非结构蛋白1-4（nsp 1-4）编码序列、亚基因组启动子（SGP）、目标蛋白编码序列、3’UTR和polyA尾巴。当前主流的saRNA序列设计思路为：在自复制RNA病毒的基因组基础上，将病毒结构蛋白编码区域替换为目标蛋白编码序列。
以SFV为例，其基因组序列包含4个保守序列元件（CSE）：
1)CSE1：5’ UTR序列，位于病毒基因组的5’端，功能是作为从(‑)链模板合成(+)链的启动子；
2)CSE2：长度为51-nt，位于CSE1下游的nsP1编码序列中，作为从基因组RNA模板的(‑)链合成的启动子；
3)CSE3：长度约24-nt，位于亚基因组启动子（SGP）附近、病毒结构蛋白编码序列的5’端；
4)CSE4：3’端非编码序列，长度为19-nt，位于目的基因编码序列的下游、polyA的上游，作为启动(‑)链合成的核心启动子。