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IRES序列文库:

可编码circRNA的目标序列元件包括辅助翻译元件(通常为IRES,内部核糖体进入位点)和目标蛋白编码序列(CDS)。多篇研究显示,IRES影响编码序列在不同靶组织/细胞的表达。

IRES设计策略通常为直接采用天然序列,筛选不同物种来源的IRES序列可能是提高circRNA翻译水平的有效措施。也有研究通过随机突变的方式改造IRES序列,实现circRNA蛋白表达水平的提升。

IRES序列列表:

序列来源 IRES序列
天然IRES
柯萨奇病毒B3 (CVB3) TTAAAACAGCCTGTGGGTTGATCCCACCCACAGGCCCATTGGGCGCTAGCACTCTGGTATCACGGTACCT
TTGTGCGCCTGTTTTATACCCCCTCCCCCAACTGTAACTTAGAAGTAACACACACCGATCAACAGTCAGCG
TGGCACACCAGCCACGTTTTGATCAAGCACTTCTGTTACCCCGGACTGAGTATCAATAGACTGCTCACGC
GGTTGAAGGAGAAAGCGTTCGTTATCCGGCCAACTACTTCGAAAAACCTAGTAACACCGTGGAAGTTGCA
GAGTGTTTCGCTCAGCACTACCCCAGTGTAGATCAGGTCGATGAGTCACCGCATTCCCCACGGGCGACC
GTGGCGGTGGCTGCGTTGGCGGCCTGCCCATGGGGAAACCCATGGGACGCTCTAATACAGACATGGTGC
GAAGAGTCTATTGAGCTAGTTGGTAGTCCTCCGGCCCCTGAATGCGGCTAATCCTAACTGCGGAGCACAC
ACCCTCAAGCCAGAGGGCAGTGTGTCGTAACGGGCAACTCTGCAGCGGAACCGACTACTTTGGGTGTCC
GTGTTTCATTTTATTCCTATACTGGCTGCTTATGGTGACAATTGAGAGATCGTTACCATATAGCTATTGGAT
TGGCCATCCGGTGACTAATAGAGCTATTATATATCCCTTTGTTGGGTTTATACCACTTAGCTTGAAAGAGGT
TAAAACATTACAATTCATTGTTAAGTTGAATACAGCAAA
脑心肌炎病毒 (EMCV) TTGCCAGTCTGCTCGATATCGCAGGCTGGGTCCGTGACTACCCACTCCCCCTTTCAACGTGAAGGCTACG
ATAGTGCCAGGGCGGGTACTGCCGTAAGTGCCACCCCAAACAACAACAACAAAACAAACTCCCCCTCCCC
CCCCTTACTATACTGGCCGAAGCCACTTGGAATAAGGCCGGTGTGCGTTTGTCTACATGCTATTTTCTACC
GCATTACCGTCTTATGGTAATGTGAGGGTCCAGAACCTGACCCTGTCTTCTTGACGAACACTCCTAGGGGT
CTTTCCCCTCTCGACAAAGGAGTGTAAGGTCTGTTGAATGTCGTGAAGGAAGCAGTTCCTCTGGAAGCTTC
TTAAAGACAAACAACGTCTGTAGCGACCCTTTGCAGGCAGCGGAACCCCCCACCTGGTGACAGGTGCCTC
TGCGGCCAAAAGCCACGTGTATAAGATACACCTGCAAAGGCGGCACAACCCCAGTGCCACGTTGTGAGTT
GGATAGTTGTGGAAAGAGTCAAATGGCTCTCCTCAAGCGTATTCAACAAGGGGCTGAAGGATGCCCAGAA
GGTACCCCATTGTATGGGATCTGATCTGGGGCCTCGGTGCACGTGCTTTACACGTGTTGAGTCGAGGTGA
AAAAACGTCTAGGCCCCCCGAACCACGGGGACGTGGTTTTCCTTTGAAAACCACGATTACAAT
脊髓灰质炎病毒 (PV) TTAAAACAGCTCTGGGGTTGTACCCACCCCAGAGGCCCACGTGGCGGCTAGTACTCCGGTATTGCGGTAC
CCTTGTACGCCTGTTTTATACTCCCTTCCCGTAACTTAGACGCACAAAACCAAGTTCAATAGAAGGGGGTA
CAAACCAGTACCACCACGAACAAGCACTTCTGTTTCCCCGGTGATGTCGTATAGACTGCTTGCGTGGTTGA
AAGCGACGGATCCGTTATCCGCTTATGTACTTCGAGAAGCCCAGTACCACCTCGGAATCTTCGATGCGTT
GCGCTCAGCACTCAACCCCAGAGTGTAGCTTAGGCTGATGAGTCTGGACATCCCTCACCGGTGACGGTG
GTCCAGGCTGCGTTGGCGGCCTACCTATGGCTAACGCCATGGGACGCTAGTTGTGAACAAGGTGTGAAG
AGCCTATTGAGCTACATAAGAATCCTCCGGCCCCTGAATGCGGCTAATCCCAACCTCGGAGCAGGTGGTC
ACAAACCAGTGATTGGCCTGTCGTAACGCGCAAGTCCGTGGCGGAACCGACTACTTTGGGTGTCCGTGTT
TCCTTTTATTTTATTGTGGCTGCTTATGGTGACAATCACAGATTGTTATCATAAAGCGAATTGGATTGGCCA
TCCGGTGAAAGTGAGACTCATTATCTATCTGTTTGCTGGATCCGCTCCATTGAGTGTGTTTACTCTAAGTAC
AATTTCAACAGTTATTTCAATCAGACAATTGTATCATA
丙肝病毒H77 (HCV-H77) GCCAGCCCCCTGATGGGGGCGACACTCCACCATGAATCACTCCCCTGTGAGGAACTACTGTCTTCACGCA
GAAAGCGTCTAGCCATGGCGTTAGTATGAGTGTCGTGCAGCCTCCAGGACCCCCCCTCCCGGGAGAGCC
ATAGTGGTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGAATTGCCAGGACGACCGGGTCCTTTCTTGGATAAACCC
GCTCAATGCCTGGAGATTTGGGCGTGCCCCCGCAAGACTGCTAGCCGAGTAGTGTTGGGTCGCGAAAGG
CCTTGTGGTACTGCCTGATAGGGTGCTTGCGAGTGCCCCGGGAGGTCTCGTAGACCGTGCACC
A1型人鼻病毒(HRV-A1) TTAAAACTGGGTGTGGGTTGTTCCCACCCACACCACCCAATGGGTGTTGTACTCTGTTATTCCGGTAACTT
TGTACGCCAGTTTTTCCCTCCCCTCCCCATCCTTTTACGTAACTTAGAAGTTTTAAATACAAGACCAATAGT
AGGCAACTCTCCAGGTTGTCTAAGGTCAAGCACTTCTGTTTCCCCGGTTGATGTTGATATGCTCCAACAGG
GCAAAAACAACAGATACCGTTATCCGCAAAGTGCCTACACAGAGCTTAGTAGGATTCTGAAAGATCTTTGG
TTGGTCGTTCAGCTGCATACCCAGCAGTAGACCTTGCAGATGAGGCTGGACATTCCCCACTGGTAACAGT
GGTCCAGCCTGCGTGGCTGCCTGCGCACCTCTCATGAGGTGTGAAGCCAAAGATCGGACAGGGTGTGAA
GAGCCGCGTGTGCTCACTTTGAGTCCTCCGGCCCCTGAATGCGGCTAACCTTAAACCTGCAGCCATGGCT
CATAAGCCAATGAGTTTATGGTCGTAACGAGTAATTGCGGGATGGGACCGACTACTTTGGGTGTCCGTGT
TTCACTTTTTCCTTTATTAATTGCTTATGGTGACAATATATATATTGATATATATTGGCATC
肠道病毒A (EV-A) TTAAAACAGCCTGTGGGTTGTACCCACCCACAGGGCCCACTGGGCGCTAGCACTCTGATTCTACGGAATC
CTTGTGCGCCTGTTTTATGTCCCTTCCCCCAATCAGTAACTTAGAAGCATTGCACCTCTTTCGACCGTTAG
CAGGCGTGGCGCACCAGCCATGTCTTGGTCAAGCACTTCTGTTTCCCCGGACCGAGTATCAATAGACTGC
TCACGCGGTTGAGGGAGAAAACGTCCGTTACCCGGCTAACTACTTCGAGAAGCCTAGTAGCACCATGAAA
GTTGCAGAGTGTTTCGCTCAGCACTTCCCCCGTGTAGATCAGGTCGATGAGTCACTGCGATCCCCACGGG
CGACCGTGGCAGTGGCTGCGTTGGCGGCCTGCCTGTGGGGTAACCCACAGGACGCTCTAATATGGACAT
GGTGCAAAGAGTCTATTGAGCTAGTTAGTAGTCCTCCGGCCCCTGAATGCGGCTAATCCTAACTGCGGAG
CACATACCCTCGACCCAGGGGGCAGTGTGTCGTAACGGGCAACTCTGCAGCGGAACCGACTACTTTGGG
TGTCCGTGTTTCCTTTTATTCTTATACTGGCTGCTTATGGTGACAATTGAAAGATTGTTACCATATAGCTATT
GGATTGGCCATCCGGTGTGCAACAGAGCTATTATTTACCTATTTGTTGGGTATATACCACTCACATCCAGA
AAAACCCTCGACACACTAGTATACATTCTTTACTTGAATTCTAGAAA
工程化IRES
CVB3 IRES突变体 A62G
CVB3 IRES突变体 T287A

IRES序列查询工具:

IRESbase数据库(http://www.iresite.org)收录了多种来源的IRES序列,数据来源为已发表文献中经过实验验证的 IRES序列,包含病毒、人类、其他真核物种等天然来源以及合成的序列。