II型内含子PIE序列：

相比I型内含子环化系统，II型内含子存在两个显著优势：其一是：无需GTP供能，降低反应复杂性和外源添加剂。其二是：更短的外显子疤痕残留，已报道的IIB型内含子会残留~12-nt的外源片段，IIC型内含子残留~6-nt的外显子疤痕，远远低于I型内含子环化产生的50-nt以上的固有疤痕。

II型内含子来源:

II型内含子包括6个结构域，命名为D1~D10。PIE结构的设计策略为：在D4结构域分割II型内含子，将其右半部分（3’内含子和外显子2 [E2]）和左半部分（E1和5’内含子）重新排列，并将目标RNA插入E2-E1中间。

II型内含子来源包括破伤风杆菌（Cte, Clostridium tetani）、苏云金芽孢杆菌（Bth, Bacillus thuringiensis）、海洋芽孢杆菌（Oceanobacillus iheyensis）等。

II型内含子PIE序列 (示例)：