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密码子优化（Codon optimization）：

由于密码子的简并性和偏好性，为获得蛋白最佳表达效果，通常需要根据物种类型进行密码子优化，常用的方法包括复合密码子家族优化和家族内密码子优化。此外，针对GC含量和重复序列的优化也可能改善目标蛋白的表达情况。

密码子使用频率表[Homo sapiens]
信息来自kazusa数据库

[三联密码子] [氨基酸] [分数] [频率/1000(数量)]
UUU
F
0.46
17.6 (714298)		 UCU
S
0.19
15.2 (618711)		 UAU
Y
0.44
12.2 (495699)		 UGU
C
0.46
10.6 (430311)
UUC
F
0.54
20.3 (824692)		 UCC
S
0.22
17.7 (718892)		 UAC
Y
0.56
15.3 (622407)		 UGC
C
0.54
12.6(513028)
UUA
L
0.08
7.7(311881)		 UCA
S
0.15
12.2 (496448)		 UAA
*
0.30
1.0 (40285)		 UGA
*
0.47
1.6 (63237)
UUG
L
0.13
12.9 (525688)		 UCG
S
0.05
4.4 (179419)		 UAG
*
0.24
0.8 (32109)		 UGG
W
1.00
13.2 (535595)
CUU
L
0.13
13.2 (536515)		 CCU
P
0.29
17.5 (713233)		 CAU
H
0.42
10.9 (441711)		 CGU
R
0.08
4.5 (184609)
CUC
L
0.20
19.6 (796638)		 CCC
P
0.32
19.8 (804620)		 CAC
H
0.58
15.1 (613713)		 CGC
R
0.18
10.4 (423516)
CUA
L
0.07
7.2 (290751)		 CCA
P
0.28
16.9 (688038)		 CAA
Q
0.27
12.3 (501911)		 CGA
R
0.11
6.2 (250760)
CUG
L
0.40
39.6 (1611801)		 CCG
P
0.11
6.9 (281570)		 CAG
Q
0.73
34.2 (1391973)		 CGG
R
0.20
11.4 (464485)
AUU
I
0.36
16.0 (650473)		 ACU
T
0.25
13.1 (533609)		 AAU
N
0.47
17.0 (689701)		 AGU
S
0.15
12.1 (493429)
AUC
I
0.47
20.8 (846466)		 ACC
T
0.36
18.9 (768147		 AAC
N
0.53
19.1 (776603)		 AGC
S
0.24
19.5 (791383)
AUA
I
0.17
7.5 (304565)		 ACA
T
0.28
15.1 (614523)		 AAA
K
0.43
24.4 (993621)		 AGA
R
0.21
12.2 (494682)
AUG
M
1.00
22.0 (896005)		 ACG
T
0.11
6.1 (246105)		 AAG
K
0.57
31.9 (1295568)		 AGG
R
0.21
12.0 (486463)
GUU
V
0.18
11.0 (448607)		 GCU
A
0.27
18.4 (750096)		 GAU
D
0.46
21.8 (885429)		 GGU
G
0.16
10.8 (437126)
GUC
V
0.24
14.5 (588138)		 GCC
A
0.40
27.7 (1127679)		 GAC
D
0.54
25.1 (1020595)		 GGC
G
0.34
22.2 (903565)
GUA
V
0.12
7.1 (287712)		 GCA
A
0.23
15.8 (643471)		 GAA
E
0.42
29.0 (1177632)		 GGA
G
0.25
16.5 (669873)
GUG
V
0.46
28.1 (1143534)		 GCG
A
0.11
7.4 (299495)		 GAG
E
0.58
39.6 (1609975)		 GGG
G
0.25
16.5 (669768)

密码子优化工具：

工具类型 密码子优化工具
开源工具 CodonTransformer
LinearDesign（百度）
其他 基因合成公司提供的免费或商业化优化工具